Un equipo de científicos trabaja en el más estricto secreto en la creación de los Pokémon más poderoso de todos los tiempos. Después de descubrir en el Amazonas un pelo fosilizado Pokémon Mew, genetistas establecer el código de ADN de este legendario monstruo y, de ella, hacer un clon: Mewtwo. Pero a medida que el gigante se despierta, se vuelve contra sus creadores, masacrarlos.