Cinco Genesect, gigantesco y poderoso Pokémon, han invadido la ciudad, y ahora plantear una seria amenaza para la fuente de alimentación, ya que se alimentan de la energía. Los estragos atraen la atención de Mewtwo, el Pokémon legendarios, que se mueve rápidamente a la ciudad para combatir a los invasores. Sin embargo, lo que realmente pretende.Ash Ketchum, su fiel Pikachu y sus amigos también debe ir a la ciudad y tratar de evitar mayores daños cuando el líder de la Genesect y Mewtwo participar en un choque monumental es desconocido. Los dos Pokémon son extraordinariamente poderosos, y cuando uno puede derrotar a otro, es posible que la ciudad ya ha sido completamente destruida.