En el futuro, el año 2415, cuando la enfermedad ha acabado con la mayor parte de la población de la Tierra es el único estado Bregna, gobernada por los científicos, que sobrevive en los seres humanos. La historia se centra en Aeon Flux venganza de un soldado que lleva el grupo quiere poner fin al régimen de Bregna. Cuando enviado para matar al líder del gobierno, descubre un mundo de secretos.