La historia comienza en el verano de 1945 en Japón. Tras el bombardeo de Kobe, Seita y Setsuko catorce años, cuatro años su hermana más joven, huérfana y se trasladó a vivir con su tía a varias decenas de kilómetros de su casa. Tía maltrata pequeña se dan cuenta de que son una carga para la
familia y deciden ir allí. Se refugian en un edificio abandonado en el campo para vivir felizmente iluminado por la presencia de miles de luciérnagas bunker, pero pronto la comida es escasa y comienza la odisea.