La pelicula se centra en el Capitan Malcolm Reynolds, un veterano de la
Guerra Civil de las Galaxias, que ahora pilota la nave Serenity. Cuando Malcolm acuerda transportar a un joven doctor y a su inestable y telepatica hermana, pronto se da cuenta que va a tener mas problemas de los que creia cuando descubre que ambos pasajeros son fugitivos de la Alianza, la coalicion que gobierna la galaxia, y que no van a detenerse hasta dar con ellos.